En 1983, Stefen Fangmeier obtient un diplôme en informatique à l'Université de Californie de Dominguez Hills. Il travaille comme programmeur système et analyste du traitement des images chez Aerospace Corporation et comme directeur de projet de la visualisation scientifique au célèbre National Center for Supercomputing Application (NCSA) de l'Université de l'Illinois. Il fait aussi ses premiers pas dans l'industrie du spectacle au milieu des années 80 chez Digital Productions jusqu'a sa fermeture en 1987. Là, il rejoint Mental Images, créateurs d'un système de rendu visuel des ondes cérébrales. Il en est devenu directeur de la production. Stefen Fangmeier entre chez ILM en 1990.

Son premier projet majeur a été Terminator 2, Le Jugement Dernier, comme superviseur des plans numériques. Il travaille par la suite sur des films comme Hook Jurrasic Park  et Casper. Son premier film en tant que superviseur des effets visuels est Twister, pour lequel il est nommé à l'Oscar et remporte un BAFTA Award. Parmi les autres films auxquels il a collaboré figurent Small Soldiers, Il Faut Sauver Le Soldat Ryan, En Pleine Tempete, Galaxy Quest, La Mémoire Dans La Peau , Signes, Dreamcatcher,  Master And Commander : De L'Autre Côté Du Monde et Les Desastreuses Aventures Des Orphelins Baudelaire.

En 2006 il réalise Eragon, son premier long-métrage.

A propos d'Edward Speleers, ..." pour moi, ce qui importait était son naturel, sa diction, et il avait ce petit "plus" qui me plaisait."